24G logo
0 0

Covid19 og 24Genetik: nye udviklinger del II

COVID-19 forener indsatser inden for forskning

Siden de tidlige dage af virussen spredte sig over hele verden, begyndte forskning på internationalt plan også. Et bevis på dette er de forskellige konsortier, der er oprettet for at bekæmpe pandemien, såsom COVID-19 High-Performance Computing (HPC) Consortium, COVID-19 Genomics (COG-UK) Consortium eller Host Genetics Initiative (HGI). Sidstnævnte, som 24Genetics deltager i gennem et samarbejde med Health Research Institute of the La Paz University Hospital (IdIPAZ)grupperer næsten 200 internationale forskningsprojekter med fokus på genetiske faktorer, der er modtagelige for virussen.Dette nye indlæg vil beskrive historien om genetiske opdagelser og udviklingen af ​​den forskning, som 24Genetics i øjeblikket udfører.

24Genetics' forskningssamarbejde

Takket være konsortiet, hvori 24Genetics og (HGI) deltager, opdagede vi mange og forskellige genetiske markører. Efterhånden som nye data er tilgængelige, er de genetiske resultater blevet mere meningsfulde. En af de første undersøgelser, der så lyset, identificerede ved hjælp af HGI kritiske markører i det antivirale forsvar og de inflammatoriske processer. Disse omfattede specifikke kromosomer og gener såsom FYCO1 (Chr. 3), IGF1 (Chr. 12) eller DPP9 (Chr. 19) (Figur 1).

Figur 1. Pairo-Castineira, E., et al. Genetiske mekanismer for kritisk sygdom i Covid-19. medRxiv 2020.09.24.20200048; doi: https://doi.org/10.1101/2020.09.24.2020004

 

Resultater af forskningen med IdiPaz

Ikke mindre signifikant, og med et meget større antal prøver, blev betydningen af ​​blodgruppe som en immunbeskyttende faktor øget (2). ABO-genet (Chr.3), hovedaktøren, kom ud og viste potentiel beskyttelse på mellem 14 % og 16 % i bestemte blodgrupper. Forskningen bragte også flere inflammatoriske genetiske faktorer relateret til respirationssvigt på bordet (figur 2).

 

Figur 2. Severe Covid-19 GWAS Group. Genomewide Association-undersøgelse af alvorlig Covid-19 med respirationssvigt. 2020 N Engl J Med 2020; 383:1522-1534 DOI: 10.1056/NEJMoa2020283

 

Og hvad bidrager 24Genetics til alt dette?

I oktober tager 24Genetics stafetten, og med feltarbejdet udført af IdIPAZ og prøverne, der allerede er sekventeret af vores referencelaboratorier, går det i gang. En af de første opgaver, der blev udført, var filtrering og "helbredelse" af de genererede data. En af de påbegyndte processer var analyse af genetiske data fra personer med IDOC-sygdom vedrørende personer på intensivafdeling (figur 3).

Figur 3. Figura proporcionada af Lasse Folkersen, BS y PhD

Det blev derefter besluttet at begynde at bruge kunstig intelligens ved analysere sæt af rapporterede kliniske variabler, for at vide nøje, hvilke der var mere eller mindre vigtige (tabel 1).

Tabel 1. Diagram leveret af Carlos Ortega, dataforsker

 

Kunstig intelligens gjorde det ved denne lejlighed muligt at klassificere varianterne efter betydning. I følgende tabel kan du se de forskellige opnåede faktorer. Det var dog nødvendigt at validere modellen; til det brugte vi SHAP (Shapley Additive ExPlanations). Kort sagt giver denne model algoritmen mulighed for at forklare den vægt, som hver faktor har (tabel 2).

Tabel 2. Diagram leveret af Carlos Ortega, dataforsker

 

Neutrofilforhold, blodmætning eller interleukin-6 (parametre, der allerede er blevet sat under mikroskopet før) var signifikante bekræftede parametre (3,4,5). Når vi havde dataene, var næste skridt at træne algoritmen til at forstå den potentielle forudsigende værdi. 

 

Fordele ved anvendelsen af ​​algoritmen for patienter med COVID-19

Til sidst trænede vi algoritmen til at forudsige, med 97 % tilfældighed, dødeligheden eller overlevelsen af ​​COVID-patienter. På trods af de opmuntrende foreløbige resultater er det videnskabelige hold i 24Genetics forsigtige og taber ikke mulige begrænsende skævheder af syne. 24Genetics vil også validere i datasæt med flere nødvendige prøver for at verificere de opnåede data. Hvis alle resultaterne er valideret, kan værktøjet være nyttigt til overlevelse af COVID-patienter eller forbedring af hospitalsprotokoller. Vi udførte hele computerprocessen med åben kildekode. Derfor til brug uden omkostninger på enhver klinik og hospital i verden. I mellemtiden vil holdet fortsætte med at forske.

 

Tak:

  • Instituto de Investigación Sanitaria del Hospital Universitario La Paz (IdIPAZ)
  • Carlos Ortega, dataforsker
  • Lasse Folkersen, BS og ph.d
  • COVID-19 Host Genetics Initiative. COVID-19 Host Genetics Initiative, et globalt initiativ til at belyse værtsgenetiske faktorers rolle i modtageligheden og sværhedsgraden af ​​SARS-CoV-2-viruspandemien. J. Hum. Genet. 28, 715-718 (2020). https://doi.org/10.1038/s41431-020-0636-6.

 

 

Bibliografi:

  • Pairo-Castineira, E., et al. Genetiske mekanismer for kritisk sygdom i Covid-19. medRxiv 2020.09.24.20200048; doi: https://doi.org/10.1101/2020.09.24.20200048
  • The Severe Covid-19 GWAS Group. Genomewide Association-undersøgelse af alvorlig Covid-19 med respirationssvigt. 2020 N Engl J Med 2020; 383:1522-1534 DOI: 10.1056/NEJMoa2020283
  • Protasio Veras, F., et al. SARS-CoV-2-udløste neutrofile ekstracellulære fælder medierer COVID-19-patologi. J Exp Med 7. december 2020; 217 (12): e20201129. doi: https://doi.org/10.1084/jem.20201129
  • Shenoy, N., Luchtel, R. & Gulani, P. Overvejelser for måliltmætning hos COVID-19-patienter: er vi underskydende? BMC Med 18, 260 (2020). https://doi.org/10.1186/s12916-020-01735-2
  • Chen X, et al. Påviselig serum alvorligt akut respiratorisk syndrom Coronavirus 2 viral belastning (RNAæmi) er tæt korreleret med drastisk forhøjet interleukin 6 niveau hos kritisk syge patienter med coronavirus sygdom 2019. Clin Infect Dis. 2020. november 5;71(8):1937-1942. doi: 10.1093/cid/ciaa449. PMID: 32301997; PMCID: PMC7184354.

Skrevet af Manuel de la Mata

genetiker

DNA-test for genetiske sygdomme?

Fremskridtene inden for genetisk forskning har gjort det muligt for mennesker at kende sig selv bedre for at optimere deres livsstil og forbedre deres velvære, ikke kun ved at opdage deres herkomst eller hvilke personlighedstræk eller talenter de har i deres gener, men også...

Læs mere

Hvad er en nutrigenetisk undersøgelse til?

Nutrigenetik er defineret som den videnskab, der studerer den effekt, vores gener har på responsen på forskellige kostkomponenter. Derfor vil en nutrigenetisk undersøgelse give os mulighed for at tilpasse den mad, vi spiser, til vores behov. De grundlæggende hypoteser, som videnskaben om...

Læs mere

Kardiovaskulær sundhed

Hjerteorganet er en kraftfuld pumpe, der cirkulerer blod, næringsstoffer og ilt i hele kroppen, og overraskende nok er det det første organ, der dannes under fosterudviklingen. I græsk medicin blev det betragtet som det vigtigste organ, og i dag er det faktum, at hjertet...

Læs mere

Hvordan laver man en DNA-test derhjemme?

At tage en DNA-test giver dig værdifuld information om din genetik, hvilket betyder, at du åbner en dør for at kende dig selv bedre for at træffe beslutninger, der hjælper dig med at optimere din livsstil sikkert og effektivt. Disse genetiske tests leder efter ændringer i DNA...

Læs mere

Personlighedstest: påvirker genetik talent?

Menneskeheden har altid søgt at forstå sin adfærd, at forklare sin personlighed. Religioner eller andre moralsk-etiske trossystemer har etableret paradigmer gennem historien, som kan forklare visse adfærdstræk i visse samfund og i visse sammenhænge,...

Læs mere

Sundhed og personlig medicin

Hvad mener vi med personlig og præcisionsmedicin? Præcisionsmedicin er en spirende tilgang til sygdomsbehandling og forebyggelse, der tager højde for variationen mellem mennesker, både genetisk og i individets miljø og livsstil. Dette...

Læs mere

Genetisk arv og herkomst

Vores blog forsøger altid at være informativ og tilgængelig, og vi skriver den med det formål at gøre den enkel og forståelig for enhver læser. Ved denne lejlighed har vi tilladt os selv at være lidt mere tekniske for at forklare visse grundlæggende principper for genetiske...

Læs mere

Solens virkninger på din hud

Solens virkninger på huden Udsættelsen af ​​vores hud for ultraviolet (UV) stråling fra solen, og absorptionen af ​​denne ultraviolette energi, forårsager ændringer i vores krops kemiske, hormonelle og neuronale signaler, som har efterfølgende virkninger på immunceller og ...

Læs mere
    0
    Din Indkøbskurv
    Din kurv er tom
      Beregn fragt
      Anvend Kupon