24G logo
0 0,00

Covid19 og 24Genetik: nye udviklinger del II

COVID-19 forener indsatser inden for forskning

Siden de tidlige dage af virussen spredte sig over hele verden, begyndte forskning på internationalt plan også. Et bevis på dette er de forskellige konsortier, der er oprettet for at bekæmpe pandemien, såsom COVID-19 High-Performance Computing (HPC) Consortium, COVID-19 Genomics (COG-UK) Consortium eller Host Genetics Initiative (HGI). Sidstnævnte, som 24Genetics deltager i gennem et samarbejde med Health Research Institute of the La Paz University Hospital (IdIPAZ)grupperer næsten 200 internationale forskningsprojekter med fokus på genetiske faktorer, der er modtagelige for virussen.Dette nye indlæg vil beskrive historien om genetiske opdagelser og udviklingen af ​​den forskning, som 24Genetics i øjeblikket udfører.

24Genetics' forskningssamarbejde

Takket være konsortiet, hvori 24Genetics og (HGI) deltager, opdagede vi mange og forskellige genetiske markører. Efterhånden som nye data er tilgængelige, er de genetiske resultater blevet mere meningsfulde. En af de første undersøgelser, der så lyset, identificerede ved hjælp af HGI kritiske markører i det antivirale forsvar og de inflammatoriske processer. Disse omfattede specifikke kromosomer og gener såsom FYCO1 (Chr. 3), IGF1 (Chr. 12) eller DPP9 (Chr. 19) (Figur 1).

Figur 1. Pairo-Castineira, E., et al. Genetiske mekanismer for kritisk sygdom i Covid-19. medRxiv 2020.09.24.20200048; doi: https://doi.org/10.1101/2020.09.24.2020004

 

Resultater af forskningen med IdiPaz

Ikke mindre signifikant, og med et meget større antal prøver, blev betydningen af ​​blodgruppe som en immunbeskyttende faktor øget (2). ABO-genet (Chr.3), hovedaktøren, kom ud og viste potentiel beskyttelse på mellem 14 % og 16 % i bestemte blodgrupper. Forskningen bragte også flere inflammatoriske genetiske faktorer relateret til respirationssvigt på bordet (figur 2).

 

Figur 2. Severe Covid-19 GWAS Group. Genomewide Association-undersøgelse af alvorlig Covid-19 med respirationssvigt. 2020 N Engl J Med 2020; 383:1522-1534 DOI: 10.1056/NEJMoa2020283

 

Og hvad bidrager 24Genetics til alt dette?

I oktober tager 24Genetics stafetten, og med feltarbejdet udført af IdIPAZ og prøverne, der allerede er sekventeret af vores referencelaboratorier, går det i gang. En af de første opgaver, der blev udført, var filtrering og "helbredelse" af de genererede data. En af de påbegyndte processer var analyse af genetiske data fra personer med IDOC-sygdom vedrørende personer på intensivafdeling (figur 3).

Figur 3. Figura proporcionada af Lasse Folkersen, BS y PhD

Det blev derefter besluttet at begynde at bruge kunstig intelligens ved analysere sæt af rapporterede kliniske variabler, for at vide nøje, hvilke der var mere eller mindre vigtige (tabel 1).

Tabel 1. Diagram leveret af Carlos Ortega, dataforsker

 

Kunstig intelligens gjorde det ved denne lejlighed muligt at klassificere varianterne efter betydning. I følgende tabel kan du se de forskellige opnåede faktorer. Det var dog nødvendigt at validere modellen; til det brugte vi SHAP (Shapley Additive ExPlanations). Kort sagt giver denne model algoritmen mulighed for at forklare den vægt, som hver faktor har (tabel 2).

Tabel 2. Diagram leveret af Carlos Ortega, dataforsker

 

Neutrofilforhold, blodmætning eller interleukin-6 (parametre, der allerede er blevet sat under mikroskopet før) var signifikante bekræftede parametre (3,4,5). Når vi havde dataene, var næste skridt at træne algoritmen til at forstå den potentielle forudsigende værdi. 

 

Fordele ved anvendelsen af ​​algoritmen for patienter med COVID-19

Til sidst trænede vi algoritmen til at forudsige, med 97 % tilfældighed, dødeligheden eller overlevelsen af ​​COVID-patienter. På trods af de opmuntrende foreløbige resultater er det videnskabelige hold i 24Genetics forsigtige og taber ikke mulige begrænsende skævheder af syne. 24Genetics vil også validere i datasæt med flere nødvendige prøver for at verificere de opnåede data. Hvis alle resultaterne er valideret, kan værktøjet være nyttigt til overlevelse af COVID-patienter eller forbedring af hospitalsprotokoller. Vi udførte hele computerprocessen med åben kildekode. Derfor til brug uden omkostninger på enhver klinik og hospital i verden. I mellemtiden vil holdet fortsætte med at forske.

 

Tak:

  • Instituto de Investigación Sanitaria del Hospital Universitario La Paz (IdIPAZ)
  • Carlos Ortega, dataforsker
  • Lasse Folkersen, BS og ph.d
  • COVID-19 Host Genetics Initiative. COVID-19 Host Genetics Initiative, et globalt initiativ til at belyse værtsgenetiske faktorers rolle i modtageligheden og sværhedsgraden af ​​SARS-CoV-2-viruspandemien. J. Hum. Genet. 28, 715-718 (2020). https://doi.org/10.1038/s41431-020-0636-6.

 

 

Bibliografi:

  • Pairo-Castineira, E., et al. Genetiske mekanismer for kritisk sygdom i Covid-19. medRxiv 2020.09.24.20200048; doi: https://doi.org/10.1101/2020.09.24.20200048
  • The Severe Covid-19 GWAS Group. Genomewide Association-undersøgelse af alvorlig Covid-19 med respirationssvigt. 2020 N Engl J Med 2020; 383:1522-1534 DOI: 10.1056/NEJMoa2020283
  • Protasio Veras, F., et al. SARS-CoV-2-udløste neutrofile ekstracellulære fælder medierer COVID-19-patologi. J Exp Med 7. december 2020; 217 (12): e20201129. doi: https://doi.org/10.1084/jem.20201129
  • Shenoy, N., Luchtel, R. & Gulani, P. Overvejelser for måliltmætning hos COVID-19-patienter: er vi underskydende? BMC Med 18, 260 (2020). https://doi.org/10.1186/s12916-020-01735-2
  • Chen X, et al. Påviselig serum alvorligt akut respiratorisk syndrom Coronavirus 2 viral belastning (RNAæmi) er tæt korreleret med drastisk forhøjet interleukin 6 niveau hos kritisk syge patienter med coronavirus sygdom 2019. Clin Infect Dis. 2020. november 5;71(8):1937-1942. doi: 10.1093/cid/ciaa449. PMID: 32301997; PMCID: PMC7184354.

Skrevet af Manuel de la Mata

genetiker

Genetiks indflydelse på cøliaki

Hvad er cøliaki? Cøliaki er en kronisk autoimmun sygdom, der påvirker fordøjelsessystemet. Det er kendetegnet ved en intolerance over for gluten, et protein, der findes i hvede, byg, rug og krydsninger af disse korn. Når en person med cøliaki indtager...

Læs mere

25. april: Verdens DNA-dag

25. april: Verdens DNA-dag Opdagelsen af ​​DNA er en af ​​de vigtigste milepæle i videnskabens historie og er den dag i dag grundlaget for mange medicinske opdagelser og fremskridt. Den 25. april er dagen, hvor to hovedpassager i genetik og af...

Læs mere

Er kræft i bugspytkirtlen arvelig?

Bugspytkirtlen er et kirtelorgan bag maven og foran rygsøjlen. Det producerer mavesaft, enzymer, der nedbryder mad og adskillige hormoner, der hjælper med at kontrollere blodsukkerniveauet. En tumor begynder at udvikle sig, når der er en unormal vækst af...

Læs mere

Lynch syndrom og genetisk arv

Lynch syndrom er en genetisk lidelse, der øger sandsynligheden for at udvikle visse typer kræft, især tyktarmskræft. Af denne grund er Lynch-sygdom altid blevet omtalt som arvelig nonpolypose kolorektal cancer [1]. Hvis du vil vide...

Læs mere

Er neuroblastom arvelig?

Der findes forskellige typer kræftsvulster, afhængigt af flere aspekter: hvor de udvikler sig, årsagerne, det væv, de påvirker osv. I dette tilfælde vil vi tale om neuroblastom, en kræftsygdom i umodne nerveceller, der findes i forskellige kropsdele. Det er en ondartet...

Læs mere

Kolorektal cancer og genetik

Genetik er en væsentlig faktor i udviklingen af ​​tyktarmskræft. Et stort antal gener kan påvirke hver persons disposition for at udvikle denne sygdom på et tidspunkt i hans eller deres liv. Derudover kan disse gener også være involveret i at udvikle andre...

Læs mere

Myasthenia gravis og genetik

Myasthenia gravis er en sygdom, der tilhører gruppen af ​​neuromuskulære sygdomme, beskrevet som lidelser, der påvirker forbindelsen mellem muskler og nerver, hvilket resulterer i muskelsvaghed, træthed og en række andre symptomer. Millioner af mennesker verden over lider...

Læs mere
    0
    Din Indkøbskurv
    Din kurv er tom
      Beregn fragt
      Anvend Kupon